Het waterhoen heeft geen zwemvliezen, in tegenstelling tot de meerkoet. In plaats daarvan bezit de vogel zeer lange, groene tenen, die ideaal zijn voor het lopen op drijvende planten en in de oevervegetatie. Ondanks het gebrek aan zwemvliezen zwemt het waterhoen wel, al lijkt dit soms moeizamer dan bij eenden of meerkoeten.
Waterhoentjes zijn donker van kleur met een rode snavel en een rood blesje op het voorhoofd. De punt van de snavel is geel van kleur. Op de flanken hebben ze witte strepen. Deze hoen foerageert ook regelmatig op de oever. Mannetjes en vrouwtjes zien er ongeveer hetzelfde uit en verschillen alleen in lengte en gewicht. De lichaamslengte bedraagt 32 tot 35 cm en het gewicht 175 tot 500 gram.
Waterhoentjes maken meestal hun nesten tussen het riet, of andere dichte oevervegetatie, maar soms ook hogerop in struiken of bomen die over het water hangen. Ze bouwen als het ware een platform van dood plantenmateriaal. De nesten worden vrijwel altijd in de buurt van water gebouwd. Het legsel bestaat meestal uit vijf tot elf lichtgrijze tot geelbruine eieren met bruine vlekjes. Het vrouwtje broedt twee tot drie keer per jaar.
Het waterhoen voedt zich met waterplanten, grassen, insecten en kikkervisjes. Maar ook is het dier niet schuw van een visje. Met zijn puntige snavel prikt hij het visje aan stukken, eet er zelf van en deelt het met zijn kuikens.
